RDKit: Class Members

| RDKit Open-source cheminformatics and machine learning.

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Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

### - g -

- g : RDKit::DrawColour
- g_centre_ : RDKit::MolDraw2D_detail::StringRect
- G_i : ForceFields::MMFF::MMFFVdW
- gaMaximumOperations : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- gaNumberOperationsWithoutImprovement : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- gaNumberRuns : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- gaParallelRuns : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- gaPopulationSize : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- gaRandomSeed : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- GaResult() : RDKit::GaResult
- GasteigerParams() : RDKit::GasteigerParams
- gather() : ForceFields::ForceField
- generateCoordinates : RDKit::MolzipParams
- generateMolString() : RDKit::MarvinMol
- generateNext() : RDKit::FMCS::Composition2N
- get() : RDKit::MolAlign::MolHistogram
- getAbundanceForIsotope() : RDKit::PeriodicTable
- getActiveAtmIdx1() : RDKit::MolDraw2D
- getActiveAtmIdx2() : RDKit::MolDraw2D
- getActiveAtom() : RDKit::RWMol
- getActiveBndIdx() : RDKit::MolDraw2D
- getActiveClass() : RDKit::MolDraw2D
- getActiveConformer() : RDKit::MolChemicalFeature
- getAddFP() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getAgents() : RDKit::ChemicalReaction
- getAllAtomsWithBookmark() : RDKit::ROMol
- getAllBondsWithBookmark() : RDKit::ROMol
- getAltLoc() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- getAtIdx() : RDKit::RecursiveStructureQuery
- getAtom() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol, RDKit::CIPLabeler::Node
- getAtomBonds() : RDKit::ROMol
- getAtomBookmarks() : RDKit::ROMol
- getAtomConjGrpIdx() : RDKit::ResonanceMolSupplier
- getAtomCoords() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getAtomDegree() : RDKit::ROMol
- getAtomicMass() : RDKit::CIPLabeler::Node
- getAtomicNum() : RDKit::Atom, RDKit::CIPLabeler::Node
- getAtomicNumber() : RDKit::PeriodicTable
- getAtomicNumFraction() : RDKit::CIPLabeler::Node
- getAtomicWeight() : RDKit::PeriodicTable
- getAtomIdx() : RDKit::AtomSanitizeException, RDKit::CIPLabeler::Node
- getAtomIndex() : RDKit::MarvinMolBase
- getAtomIndices() : RDKit::KekulizeException
- getAtomInvariants() : RDKit::AtomInvariantsGenerator, RDKit::AtomPair::AtomPairAtomInvGenerator, RDKit::MorganFingerprint::MorganAtomInvGenerator, RDKit::MorganFingerprint::MorganFeatureAtomInvGenerator, RDKit::RDKitFP::RDKitFPAtomInvGenerator
- getAtomList() : RDKit::MarvinMolBase
- getAtomMapNum() : RDKit::Atom
- getAtomMatches() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getAtomMatchScore() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getAtomNeighbors() : RDKit::ROMol
- getAtomOrientation() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getAtomPos() : RDKit::Conformer
- getAtomRadius() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMolMCH
- getAtoms() : RDKit::MolChemicalFeature, RDKit::StereoGroup, RDKit::SubstanceGroup
- getAtomSurfaceArea() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getAtomSymbol() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getAtomSymbolAndOrientation() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getAtomVolume() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getAtomWithBookmark() : RDKit::ROMol
- getAtomWithIdx() : RDKit::ROMol
- getAttachPoints() : RDKit::SubstanceGroup
- getAux() : RDKit::CIPLabeler::Edge, RDKit::CIPLabeler::Node
- getAvailableProperties() : RDKit::Descriptors::Properties
- getBeg() : RDKit::CIPLabeler::Edge
- getBeginAtom() : RDKit::Bond
- getBeginAtomIdx() : RDKit::Bond
- getBestPermutation() : RDKit::RGroupScorer
- getBestScore() : RDKit::RGroupScorer
- getBit() : BitVect, ExplicitBitVect, SparseBitVect
- getBitId() : RDCatalog::CatalogEntry, RDKit::AtomEnvironment< OutputType >, RDKit::AtomPair::AtomPairAtomEnv< OutputType >, RDKit::MorganFingerprint::MorganAtomEnv< OutputType >, RDKit::RDKitFP::RDKitFPAtomEnv< OutputType >, RDKit::TopologicalTorsion::TopologicalTorsionAtomEnv< OutputType >
- getBitSet() : RDKit::FMCS::Composition2N, SparseBitVect
- getBond() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol, RDKit::CIPLabeler::Edge
- getBondBetweenAtoms() : RDKit::ROMol
- getBondBookmarks() : RDKit::ROMol
- getBondColours() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getBondConjGrpIdx() : RDKit::ResonanceMolSupplier
- getBondDir() : RDKit::Bond
- getBondIndex() : RDKit::MarvinMolBase
- getBondInvariants() : RDKit::BondInvariantsGenerator, RDKit::MorganFingerprint::MorganBondInvGenerator
- getBondLabel() : RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
- getBondList() : RDKit::MarvinMolBase
- getBondMatches() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getBondOrder() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol
- getBonds() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol, RDKit::StereoGroup, RDKit::SubstanceGroup
- getBondType() : RDKit::Bond, RDKit::MarvinBond, RDKit::SubstanceGroup
- getBondTypeAsDouble() : RDKit::Bond
- getBondWithBookmark() : RDKit::ROMol
- getBondWithIdx() : RDKit::ROMol
- getBoxNx() : RDDepict::EmbeddedFrag
- getBoxNy() : RDDepict::EmbeddedFrag
- getBoxPx() : RDDepict::EmbeddedFrag
- getBoxPy() : RDDepict::EmbeddedFrag
- getBrackets() : RDKit::SubstanceGroup
- getBytes() : RDKit::FPBReader
- getCallback() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getCancelled() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SearchResults
- getCarriers() : RDKit::CIPLabeler::Configuration
- getCatalogParams() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
- getCatalogs() : RDKit::FilterCatalogParams
- getCenter() : RDKit::MarvinRectangle
- getChainId() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- GetCharges() : MolData3Ddescriptors
- getChiralTag() : RDKit::Atom
- getChromosomePolicy() : RDKit::RGroupGa
- getCol() : RDNumeric::Matrix< TYPE >, RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
- getColour() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getCompactness() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getComparision() : RDKit::CIPLabeler::Rules, RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
- getConformer() : RDKit::ROMol
- getConnectorRegions() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getConnectorRegionSmiles() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getConnectors() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getConnRegFPs() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getConnRegions() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getContainingNeighbors() : RDKit::FPBReader, RDKit::MultiFPBReader
- getCoreLabel() : RDKit::RGroupData
- getCorrBitList() : RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
- getCorrMat() : RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
- getCost() : RDKit::MolAlign::LAP
- getCountFingerprint() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getCountFingerprints() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getCStates() : RDKit::SubstanceGroup
- GetCurrentBestPermutation() : RDKit::RGroupDecompData
- getCurrentRoot() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
- GetCustomAtomProp() : MolData3Ddescriptors
- getCustomPropHandlers() : RDKit::MolPickler
- getData() : RDGeom::UniformRealValueGrid3D, RDKit::Dict, RDKit::DiscreteValueVect, RDKit::RealValueVect, RDNumeric::Matrix< TYPE >, RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >, RDNumeric::Vector< TYPE >
- getDataFunc : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getDataSize() : RDNumeric::Matrix< TYPE >, RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
- getDefaultPickleProperties() : RDKit::MolPickler
- getDefaultValence() : RDKit::PeriodicTable
- getDegree() : RDKit::Atom
- getDescription() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDCatalog::CatalogEntry, RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolCatalogEntry
- getDict() : RDKit::RDProps
- getDigraph() : RDKit::CIPLabeler::Configuration, RDKit::CIPLabeler::Node
- getDimensions() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation
- getDir() : RDKit::Chirality::WedgeInfoAtropisomer, RDKit::Chirality::WedgeInfoBase, RDKit::Chirality::WedgeInfoChiral
- getDirs() : RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
- getDiscrims() : RDKit::FragCatalogEntry
- getDist() : RDKit::DiscreteDistMat
- getDistance() : RDKit::CIPLabeler::Node
- getDownEntryList() : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
- getDrawCoords() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getDrawingText() : RDKit::MolDraw2DCairo, RDKit::MolDraw2DSVG
- getDrawLineWidth() : RDKit::MolDraw2D
- getDrawTransformers() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getEdges() : RDKit::CIPLabeler::Node, RDKit::ROMol
- getElementName() : RDKit::PeriodicTable
- getElementSymbol() : RDKit::PeriodicTable
- GetEmbeddedAtom() : RDDepict::EmbeddedFrag
- GetEmbeddedAtoms() : RDDepict::EmbeddedFrag
- getEnd() : RDKit::CIPLabeler::Edge
- getEndAtom() : RDKit::Bond
- getEndAtomIdx() : RDKit::Bond
- getEndsOpen() : Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getEnergy() : DistGeom::ChiralViolationContribs, DistGeom::DistViolationContribs, DistGeom::FourthDimContribs, ForceFields::AngleConstraintContrib, ForceFields::AngleConstraintContribs, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribM6, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribs, ForceFields::DistanceConstraintContrib, ForceFields::DistanceConstraintContribs, ForceFields::ForceFieldContrib, ForceFields::MMFF::AngleBendContrib, ForceFields::MMFF::BondStretchContrib, ForceFields::MMFF::EleContrib, ForceFields::MMFF::NonbondedContrib, ForceFields::MMFF::OopBendContrib, ForceFields::MMFF::StretchBendContrib, ForceFields::MMFF::TorsionAngleContrib, ForceFields::MMFF::VdWContrib, ForceFields::PositionConstraintContrib, ForceFields::TorsionConstraintContrib, ForceFields::UFF::AngleBendContrib, ForceFields::UFF::BondStretchContrib, ForceFields::UFF::InversionContrib, ForceFields::UFF::InversionContribs, ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib, ForceFields::UFF::vdWContrib, RDKit::Snapshot
- getEntriesOfOrder() : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
- getEntry() : RDKit::FilterCatalog
- getEntryWithBitId() : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
- getEntryWithIdx() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >, RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >, RDKit::FilterCatalog
- getEnumerator() : RDKit::EnumerateLibraryBase
- getEnvironments() : RDKit::AtomEnvironmentGenerator< OutputType >, RDKit::AtomPair::AtomPairEnvGenerator< OutputType >, RDKit::MorganFingerprint::MorganEnvGenerator< OutputType >, RDKit::RDKitFP::RDKitFPEnvGenerator< OutputType >, RDKit::TopologicalTorsion::TopologicalTorsionEnvGenerator< OutputType >
- getEOFHitOnRead() : RDKit::v1::ForwardSDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::ForwardSDMolSupplier
- GetEState() : MolData3Ddescriptors
- GetEState2() : MolData3Ddescriptors
- getExplicitValence() : RDKit::Atom, RDKit::MarvinMolBase
- getExpression() : Invar::Invariant
- getFactory() : RDKit::MolChemicalFeature
- getFamily() : ChemicalFeatures::ChemicalFeature, ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDKit::MolChemicalFeature, RDKit::MolChemicalFeatureDef
- getFeatDef() : RDKit::MolChemicalFeature
- getFeaturesForMol() : RDKit::MolChemicalFeatureFactory
- getFile() : Invar::Invariant
- getFilterMatches() : RDKit::FilterCatalog, RDKit::FilterCatalogEntry
- getFingerprint() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >, RDKit::FPHolderBase
- getFingerprints() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >, RDKit::FPHolderBase, RDKit::SubstructLibrary
- getFingerprintVarianceScoreData() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
- getFirstMatch() : RDKit::FilterCatalog
- getFitness() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
- getFlags() : RDKit::Atom, RDKit::Bond
- getFoci() : RDKit::CIPLabeler::Configuration
- getFocus() : RDKit::CIPLabeler::Configuration
- getFontFile() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT
- getFontScale() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getForceV3000() : RDKit::SDWriter
- getFormalCharge() : RDKit::Atom
- getFP() : RDKit::FPBReader, RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getFPForMol() : RDKit::FragFPGenerator
- getFpHolder() : RDKit::SubstructLibrary
- getFPIdsInCountRange() : RDKit::FPBReader
- getFPLength() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
- getFPSize() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getFractionalAtomicNum() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol
- getFullDescription() : Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::GreaterEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::GreaterQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::LessEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::LessQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getFuncGroup() : RDKit::FragCatParams, RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogParams
- getFuncGroupMap() : RDKit::FragCatalogEntry
- getFuncGroups() : RDKit::FragCatParams, RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogParams
- getGotSignal() : RDKit::ControlCHandler
- getGrad() : DistGeom::ChiralViolationContribs, DistGeom::DistViolationContribs, DistGeom::FourthDimContribs, ForceFields::AngleConstraintContrib, ForceFields::AngleConstraintContribs, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribM6, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribs, ForceFields::DistanceConstraintContrib, ForceFields::DistanceConstraintContribs, ForceFields::ForceFieldContrib, ForceFields::MMFF::AngleBendContrib, ForceFields::MMFF::BondStretchContrib, ForceFields::MMFF::EleContrib, ForceFields::MMFF::NonbondedContrib, ForceFields::MMFF::OopBendContrib, ForceFields::MMFF::StretchBendContrib, ForceFields::MMFF::TorsionAngleContrib, ForceFields::MMFF::VdWContrib, ForceFields::PositionConstraintContrib, ForceFields::TorsionConstraintContrib, ForceFields::UFF::AngleBendContrib, ForceFields::UFF::BondStretchContrib, ForceFields::UFF::InversionContrib, ForceFields::UFF::InversionContribs, ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib, ForceFields::UFF::vdWContrib
- getGridIndex() : RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getGridIndices() : RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getGridPointIndex() : RDGeom::Grid3D< VectorType, ValueType1, ValueType2 >, RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getGridPointLoc() : RDGeom::Grid3D< VectorType, ValueType1, ValueType2 >, RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getGroups() : RDKit::CIPLabeler::Sort
- getGroupType() : RDKit::StereoGroup
- getHasRingFormer() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getHitMolecules() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SearchResults
- getHybridization() : RDKit::Atom
- getId() : ChemicalFeatures::ChemicalFeature, ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDKit::Conformer, RDKit::FPBReader, RDKit::MolChemicalFeature, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getIdOfEntryWithBitId() : RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
- getIdx() : RDKit::Atom, RDKit::Bond, RDKit::Chirality::WedgeInfoBase
- getIdxForEntry() : RDKit::FilterCatalog
- getImplicitPropertiesFlag() : RDKit::ChemicalReaction
- getImplicitValence() : RDKit::Atom
- getIndexInMol() : RDKit::SubstanceGroup
- getInputFileName() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getInsertionCode() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- getIonPOL() : Data3Ddescriptors
- getIsAromatic() : RDKit::Atom, RDKit::Bond
- getIsConjugated() : RDKit::Bond
- getIsEnumerated() : RDKit::ResonanceMolSupplier
- getIsHeteroAtom() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- getIsotope() : RDKit::Atom
- GetIState() : MolData3Ddescriptors
- GetIStateDrag() : MolData3Ddescriptors
- getIsUsed() : RDKit::UsedLabelMap
- getIsValid() : RDKit::SubstanceGroup
- getItemText() : RDKit::v1::SDMolSupplier, RDKit::v1::SmilesMolSupplier, RDKit::v1::TDTMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SmilesMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::TDTMolSupplier
- getKekulize() : RDKit::SDWriter
- getKey() : RDKit::KeyFromPropHolder, RDKit::KeyHolderBase
- getKeyHolder() : RDKit::SubstructLibrary
- getKeys() : RDKit::KeyFromPropHolder, RDKit::KeyHolderBase, RDKit::SubstructLibrary
- getLabelSize() : RDKit::MolDraw2D
- getLargestFragSize() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getLastAtom() : RDKit::RWMol
- getLength() : RDKit::DiscreteValueVect, RDKit::RealValueVect, RDKit::SparseIntVect< IndexType >
- getLine() : Invar::Invariant
- getLoc() : RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
- getLower() : Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getLowerBound() : DistGeom::BoundsMatrix
- getLowerFragLength() : RDKit::FragCatParams
- getLowerVolumeBound() : DistGeom::ChiralSet
- getMass() : RDKit::Atom
- getMassForIsotope() : RDKit::PeriodicTable
- getMassNum() : RDKit::CIPLabeler::Node
- getMatchedOrphanBondIndex() : RDKit::MarvinMultipleSgroup
- getMatcher() : RDKit::MorganFingerprints::ss_matcher
- getMatches() : RDKit::ExclusionList, RDKit::FilterCatalog, RDKit::FilterHierarchyMatcher, RDKit::FilterMatcherBase, RDKit::FilterMatchOps::And, RDKit::FilterMatchOps::Not, RDKit::FilterMatchOps::Or, RDKit::SmartsMatcher, RDKit::SubstructLibrary
- getMatchFunc : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getMatchingCoreIdx() : RDKit::RGroupDecomposition
- getMatchingTautomerQuery() : RDKit::RCore
- getMatchingTemplates() : RDDepict::CoordinateTemplates
- getMaxAtomicNumber() : RDKit::PeriodicTable
- getMaxCount() : RDKit::SmartsMatcher
- getMaxDeltaAtomAtomDist() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getMaxNumberAtoms() : RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
- getMaxNumberBonds() : RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
- getMaxNumConnectors() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getMaxNumResults() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SearchResults
- getMaxNumSynthons() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getMaxStructures() : RDKit::ResonanceMolSupplierCallback
- getMaxTautomers() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getMaxTransforms() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getMcesMol() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getMetalNof() : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnector
- getMetalNon() : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnector
- getMinCount() : RDKit::SmartsMatcher
- getMMFFAngleBendParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFAngleTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFAngleType() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFAtomType() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFBondStretchEmpiricalRuleParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFBondStretchParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFBondTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFBondType() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFChgParams() : ForceFields::MMFF::MMFFChgCollection
- getMMFFDfsbParams() : ForceFields::MMFF::MMFFDfsbCollection
- getMMFFDielectricConstant() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFDielectricModel() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFEleTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFFormalCharge() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFOopBendParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFOopTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFOStream() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFPartialCharge() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFStbnParams() : ForceFields::MMFF::MMFFStbnCollection
- getMMFFStretchBendParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFStretchBendTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFTorParams() : ForceFields::MMFF::MMFFTorCollection
- getMMFFTorsionEmpiricalRuleParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFTorsionParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFTorsionTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFTorsionType() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFVariant() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFVdWParams() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFVdWTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getMMFFVerbosity() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- getModifiedAtoms() : RDKit::TautomerQuery
- getModifiedBonds() : RDKit::TautomerQuery
- getMol() : RDDepict::EmbeddedFrag, RDKit::CachedMolHolder, RDKit::CachedSmilesMolHolder, RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder, RDKit::CIPLabeler::Digraph, RDKit::MolBundle, RDKit::MolCatalogEntry, RDKit::MolChemicalFeature, RDKit::MolHolder, RDKit::MolHolderBase, RDKit::SubstructLibrary
- getMolecules() : RDKit::SubstructLibrary
- getMolHolder() : RDKit::SubstructLibrary
- getMolLabel() : RDKit::RGroupData
- getMols() : RDKit::CachedMolHolder, RDKit::CachedSmilesMolHolder, RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder, RDKit::MolBundle, RDKit::MolHolder
- getMolSize() : RDKit::MolDraw2D
- getMolWt() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getMonomerInfo() : RDKit::Atom
- getMonomerType() : RDKit::AtomMonomerInfo
- getMostCommonIsotope() : RDKit::PeriodicTable
- getMostCommonIsotopeMass() : RDKit::PeriodicTable
- getMW() : Data3Ddescriptors
- getName() : RDKit::AtomMonomerInfo, RDKit::Descriptors::PropertyFunctor, RDKit::ExclusionList, RDKit::FilterHierarchyMatcher, RDKit::FilterMatcherBase, RDKit::FilterMatchOps::And, RDKit::FilterMatchOps::Not, RDKit::FilterMatchOps::Or
- getNEG() : Data3Ddescriptors
- getNegation() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getNeighbors() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol
- getNodes() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
- getNoImplicit() : RDKit::Atom
- getNonPODStatus() : RDKit::Dict
- getNonTerminalOutEdges() : RDKit::CIPLabeler::Node
- getNonzeroElements() : RDKit::SparseIntVect< IndexType >
- getNoteStartAngle() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- getNouterElecs() : RDKit::PeriodicTable
- getNumAgentTemplates() : RDKit::ChemicalReaction
- getNumAtoms() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol, RDKit::Conformer, RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache::TKey, RDKit::FMCS::Seed, RDKit::MolChemicalFeature, RDKit::ROMol
- getNumBits() : BitVect, ExplicitBitVect, RDKit::PatternHolder, SparseBitVect
- getNumBitsPerVal() : RDKit::DiscreteValueVect
- getNumBonds() : RDKit::CIPLabeler::CIPMol, RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache::TKey, RDKit::FMCS::Seed, RDKit::ROMol
- getNumBondsToRlabels() : RDKit::RGroupData
- getNumChiralAtoms() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getNumChiralAtomsExcDummies() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getNumClasses() : RDInfoTheory::InfoBitRanker
- getNumConformers() : RDKit::ROMol
- getNumConjGrps() : RDKit::ResonanceMolSupplier, RDKit::ResonanceMolSupplierCallback
- getNumConnectors() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getNumDigits() : RDKit::TDTWriter
- getNumDiverseStructures() : RDKit::ResonanceMolSupplierCallback
- getNumDummies() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getNumEntries() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >, RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >, RDKit::FilterCatalog
- getNumExamples() : RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
- getNumExplicitHs() : RDKit::Atom
- getNumFeatureDefs() : RDKit::MolChemicalFeatureFactory
- getNumFrags() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getNumFuncGroups() : RDKit::FragCatParams, RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogParams
- getNumHeavyAtoms() : RDKit::ROMol, RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getNumImplicitHs() : RDKit::Atom
- getNumInstances() : RDInfoTheory::InfoBitRanker
- getNumInteractions() : RDMIF::HBond
- getNumInts() : RDKit::DiscreteValueVect
- getNumNodes() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
- getNumOffBits() : BitVect, ExplicitBitVect, SparseBitVect
- getNumOnBits() : BitVect, ExplicitBitVect, SparseBitVect
- getNumPairs() : RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogParams
- getNumPermutations() : RDKit::EnumerationStrategyBase
- getNumProducts() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getNumProductTemplates() : RDKit::ChemicalReaction
- getNumRadicalElectrons() : RDKit::Atom
- getNumReactantTemplates() : RDKit::ChemicalReaction
- getNumReactions() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getNumRingFormers() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getNumStructures() : RDKit::ResonanceMolSupplierCallback
- getNumSubRules() : RDKit::CIPLabeler::Rules
- getNumTransformations() : RDKit::MolStandardize::TransformCatalogParams
- getNumWeights() : RDKit::MolChemicalFeatureDef
- getNumX() : RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getNumY() : RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getNumZ() : RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getOccupancy() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- getOccupancyVect() : RDGeom::Grid3D< VectorType, ValueType1, ValueType2 >, RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getOffset() : RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getOnBits() : BitVect, ExplicitBitVect, SparseBitVect
- getOperationName() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
- getOperations() : RDKit::RGroupGa
- GetOptions() : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- getOptions() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getOrder() : RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::TautomerCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::TransformCatalogEntry
- getOriginalRoot() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
- getOrigMol() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getOther() : RDKit::CIPLabeler::Edge
- getOtherAtom() : RDKit::Bond
- getOtherAtomIdx() : RDKit::Bond
- getOwningMol() : RDKit::Atom, RDKit::Bond, RDKit::Conformer, RDKit::SubstanceGroup
- getPackingDensity() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getPair() : RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, T >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, ExplicitBitVect >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, std::string >, RDKit::HasPropWithValueQueryBase, RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogParams
- getPairing() : RDKit::CIPLabeler::PairList
- getPairs() : RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogParams
- getParams() : ForceFields::UFF::ParamCollection, RDKit::Descriptors::CrippenParamCollection, RDKit::GasteigerParams, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearcher
- getParentAtoms() : RDKit::SubstanceGroup
- getPartialSurfaceArea() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getPartialVolume() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getPattern() : RDKit::MolChemicalFeatureDef, RDKit::SmartsMatcher
- getPatternFPSize() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getPattFP() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- getPermutation() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
- getPermutationIdx() : RDKit::CartesianProductStrategy, RDKit::EnumerationStrategyBase, RDKit::EvenSamplePairsStrategy, RDKit::RandomSampleAllBBsStrategy, RDKit::RandomSampleStrategy
- getPerpendicular() : RDGeom::Point3D
- getPerturbationOrder() : RDKit::Atom
- getPoint2D() : RDKit::Snapshot
- getPoint3D() : RDKit::Snapshot
- getPOL() : Data3Ddescriptors
- getPolarSurfaceArea() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getPolarVolume() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getPos() : ChemicalFeatures::ChemicalFeature, ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDKit::MolChemicalFeature
- getPosition() : RDKit::EnumerateLibraryBase, RDKit::EnumerationStrategyBase
- getPositions() : RDKit::Conformer
- getPrbIdx() : RDKit::MolAlign::O3AConstraint
- GetPrincipalQuantumNumber() : MolData3Ddescriptors
- getProcessPropertyLists() : RDKit::v1::ForwardSDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::ForwardSDMolSupplier
- getProducts() : RDKit::ChemicalReaction
- getProgressCallback() : RDKit::ResonanceMolSupplier
- getProp() : RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolCatalogEntry, RDKit::RDProps
- getProperty() : RDKit::Descriptors::Properties
- getPropertyNames() : RDKit::Descriptors::Properties
- getPropIfPresent() : RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::RDProps
- getPropList() : RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::RDProps
- getPropName() : RDKit::CustomPropHandler, RDKit::DataStructsExplicitBitVecPropHandler, RDKit::HasPropQuery< TargetPtr >, RDKit::KeyFromPropHolder
- getProps() : RDKit::FilterCatalogEntry
- getQuery() : RDKit::Atom, RDKit::Bond, RDKit::QueryAtom, RDKit::QueryBond, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearcher
- getQueryMol() : RDKit::RecursiveStructureQuery
- getQueryMolecule() : RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
- getQueryType() : RDKit::Atom, RDKit::QueryAtom
- getRb0() : RDKit::PeriodicTable
- getRCOV() : Data3Ddescriptors
- getRcovalent() : RDKit::PeriodicTable
- getReactants() : RDKit::ChemicalReaction
- getReaction() : RDKit::EnumerateLibraryBase, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getReactionNames() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- getReader() : RDKit::MultiFPBReader
- getReadId() : RDKit::StereoGroup
- getReagents() : RDKit::EnumerateLibrary
- getReassignStereo() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getRefDescriptor() : RDKit::CIPLabeler::PairList
- getRefIdx() : RDKit::MolAlign::O3AConstraint
- GetRelativeENeg() : MolData3Ddescriptors
- GetRelativeIonPol() : MolData3Ddescriptors
- GetRelativeMW() : MolData3Ddescriptors
- GetRelativePol() : MolData3Ddescriptors
- GetRelativeRcov() : MolData3Ddescriptors
- GetRelativeVdW() : MolData3Ddescriptors
- getRemoveBondStereo() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getRemoveIsotopicHs() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getRemoveSp3Stereo() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- getResidueName() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- getResidueNumber() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- getResultSize() : RDKit::AtomEnvironmentGenerator< OutputType >, RDKit::AtomPair::AtomPairEnvGenerator< OutputType >, RDKit::MorganFingerprint::MorganEnvGenerator< OutputType >, RDKit::RDKitFP::RDKitFPEnvGenerator< OutputType >, RDKit::TopologicalTorsion::TopologicalTorsionEnvGenerator< OutputType >
- getRGroupData() : RDKit::RGroupGa
- getRGroupGA() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
- getRGroupLabel() : RDKit::RGroupData
- getRGroupLabels() : RDKit::RGroupDecomposition
- getRGroupsAsColumns() : RDKit::RGroupDecomposition
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- getRingInfo() : RDKit::ROMol
- getRingNonRingBondScore() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
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- getRingType() : RDKit::RingInfo
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- getRowSol() : RDKit::MolAlign::LAP
- getRule6Ref() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
- getRules() : RDKit::CIPLabeler::Sort
- getRvdw() : RDKit::PeriodicTable
- getScale() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
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- getSearchOrder() : RDKit::SubstructLibrary
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- getSerialNumber() : RDKit::AtomPDBResidueInfo, RDKit::RecursiveStructureQuery
- getSimilarity() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getSingleGrad() : ForceFields::MMFF::OopBendContrib
- getSize() : RDGeom::Grid3D< VectorType, ValueType1, ValueType2 >, RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D
- getSmarts() : RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolChemicalFeatureDef, RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getSmiles() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
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- getSparseCountFingerprint() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getSparseCountFingerprints() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getSparseFingerprint() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getSparseFingerprints() : RDKit::FingerprintGenerator< OutputType >
- getState() : RDKit::EnumerateLibraryBase
- getStereo() : RDKit::Bond
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- getStringExtremes() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- getStringRects() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextJS, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextSVG
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- getSubstanceGroups : RDKit::ROMol
- getSubstructParams() : RDKit::ChemicalReaction
- getSubtractFP() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet
- getSurfaceArea() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
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- getTanimotoNeighbors() : RDKit::FPBReader, RDKit::MultiFPBReader
- getTargetMoleculeForHighlights() : RDKit::RGroupMatch
- getTautomers() : RDKit::TautomerQuery
- getTempFactor() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
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- getText() : RDKit::SDWriter
- getTier1Sim() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
- getTier2Sim() : RDKit::RascalMCES::RascalResult
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- getTol() : Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getTolerance() : RDKit::FragCatParams, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, T >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, ExplicitBitVect >, RDKit::HasPropWithValueQuery< TargetPtr, std::string >, RDKit::HasPropWithValueQueryBase
- getTopN() : RDInfoTheory::InfoBitRanker
- getTopology() : RDKit::ROMol
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- getTotalVal() : RDKit::DiscreteValueVect, RDKit::RealValueVect, RDKit::SparseIntVect< IndexType >
- getTotalValence() : RDKit::Atom
- getTransform() : RDKit::MolStandardize::TautomerCatalogParams
- getTransformation() : RDKit::MolStandardize::TransformCatalogParams
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- getType() : ChemicalFeatures::ChemicalFeature, ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDKit::AtomKekulizeException, RDKit::AtomSanitizeException, RDKit::AtomValenceException, RDKit::Chirality::WedgeInfoAtropisomer, RDKit::Chirality::WedgeInfoBase, RDKit::Chirality::WedgeInfoChiral, RDKit::KekulizeException, RDKit::MolChemicalFeature, RDKit::MolChemicalFeatureDef, RDKit::MolSanitizeException
- getTypeLabel() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getTypeStr() : RDCatalog::CatalogParams
- GetUn() : MolData3Ddescriptors
- getUniqueAtomWithBookmark() : RDKit::ROMol
- getUniqueBondWithBookmark() : RDKit::ROMol
- getUpper() : Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- getUpperBound() : DistGeom::BoundsMatrix
- getUpperFragLength() : RDKit::FragCatParams
- getUpperVolumeBound() : DistGeom::ChiralSet
- getVal() : Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDGeom::Grid3D< VectorType, ValueType1, ValueType2 >, RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D, RDKit::Dict, RDKit::DiscreteValueVect, RDKit::RealValueVect, RDKit::SparseIntVect< IndexType >, RDNumeric::Matrix< TYPE >, RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >, RDNumeric::Vector< TYPE >
- getValence() : RDKit::Atom
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- getValenceList() : RDKit::PeriodicTable
- getValIfPresent() : RDKit::Dict
- getValueType() : RDKit::DiscreteValueVect
- getValUnchecked() : RDNumeric::Matrix< TYPE >
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- getVDW() : Data3Ddescriptors
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- getVersion() : RDKit::Descriptors::PropertyFunctor
- getVertices() : RDKit::ROMol
- getVolume() : RDKit::Descriptors::DoubleCubicLatticeVolume
- getWeight() : RDKit::MolAlign::O3AConstraint
- getWrite2D() : RDKit::TDTWriter
- getWriteId() : RDKit::StereoGroup
- getWriteNames() : RDKit::TDTWriter
- getXSize() : RDKit::FMCS::TArray2D< T >
- getYSize() : RDKit::FMCS::TArray2D< T >
- GMP_Hardness : ForceFields::UFF::AtomicParams
- GMP_Radius : ForceFields::UFF::AtomicParams
- GMP_Xi : ForceFields::UFF::AtomicParams
- GoodAtoms : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- GOWER : RDPickers::HierarchicalClusterPicker
- graph : RDKit::CXXAtomIterator< Graph, Vertex, Iterator >::CXXAtomIter, RDKit::CXXAtomIterator< Graph, Vertex, Iterator >, RDKit::CXXBondIterator< Graph, Edge, Iterator >::CXXBondIter, RDKit::CXXBondIterator< Graph, Edge, Iterator >
- greater() : RDKit::Canon::bondholder
- GreaterEqualQuery() : Queries::GreaterEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- GreaterQuery() : Queries::GreaterQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- GridException() : RDGeom::GridException
- gridResolution : RDKit::MolDraw2DUtils::ContourParams
- groupNumber : RDKit::MarvinStereoGroup
- GroupsToSGroups : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- groupType : RDKit::MarvinStereoGroup
- grow() : RDKit::FMCS::Seed
- GrowingStage : RDKit::FMCS::Seed