RDKit: Class Members

| RDKit Open-source cheminformatics and machine learning.

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Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

### - s -

- S : RDKit::Atom
- s : RDKit::RDTypeTag::detail::Value
- sampleSeed : RDDepict::Compute2DCoordParameters
- sanePartialProducts : RDKit::EnumerationParams
- sanitize : RDKit::GeneralMolSupplier::SupplierOptions, RDKit::MolEnumerator::MolEnumeratorParams, RDKit::SubsetOptions, RDKit::v1::PDBParserParams, RDKit::v1::SmilesParserParams, RDKit::v2::CDXMLParser::CDXMLParserParams, RDKit::v2::FileParsers::Mol2ParserParams, RDKit::v2::FileParsers::MolFileParserParams, RDKit::v2::FileParsers::PDBParserParams, RDKit::v2::FileParsers::TPLParserParams, RDKit::v2::MarvinParser::MrvParserParams, RDKit::v2::ReactionParser::ReactionSmartsParserParams, RDKit::v2::SmilesParse::SmilesParserParams
- sbmb : ForceFields::MMFF::MMFFProp
- ScaffoldNetwork() : RDKit::ScaffoldNetwork::ScaffoldNetwork
- ScaffoldNetworkParams() : RDKit::ScaffoldNetwork::ScaffoldNetworkParams
- scale() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArrow, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeDashedWedge, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeWavyLine
- scale_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- scaleBondWidth : RDKit::MolDrawOptions
- scaledMedianBondLength : RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
- scaleForceConstant() : ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib
- scaleHighlightBondWidth : RDKit::MolDrawOptions
- scaleLineWidth_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape
- scalingFactor : RDKit::MolDrawOptions
- scatter() : ForceFields::ForceField
- score() : RDKit::MolAlign::O3A, RDKit::MolStandardize::TautomerScoringFunctions::SubstructTerm, RDKit::RGroupDecompData, RDKit::RGroupDecompositionChromosome, RDKit::RGroupDecompositionProcessResult
- scoreAlignment() : RDKit::MolAlign::SDM
- scoreFromPrunedData() : RDKit::RGroupDecompData
- scoreMethod : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- scsrBaseHbondOptions : RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams
- scsrTemplateNames : RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams
- SDM() : RDKit::MolAlign::SDM
- SDMolSupplier() : RDKit::v1::SDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SDMolSupplier
- SDWriter() : RDKit::SDWriter
- search() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearcher
- searchFragSet() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceFingerprintSearcher, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceRascalSearcher, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearcher, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSubstructureSearcher
- SearchResults() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SearchResults
- second : RDKit::SLNParse::AttribType
- Seed : RDKit::FMCS::ExecStatistics, RDKit::FMCS::Seed
- SeedAtomIdxMap : RDKit::FMCS::MolFragment
- SeedCheck : RDKit::FMCS::ExecStatistics
- SeedProcessed : RDKit::MCSProgressData
- seekoff() : boost_adaptbx::python::streambuf
- seekpos() : boost_adaptbx::python::streambuf
- selectedAtoms : RDKit::SubsetInfo
- selectedBonds : RDKit::SubsetInfo
- selectScaleFactor() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- SENTRY : RDKit::FilterCatalog
- SequenceRule() : RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
- Serialize() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >, RDCatalog::CatalogEntry, RDCatalog::CatalogParams, RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >, RDKit::EnumerateLibraryBase, RDKit::FilterCatalog, RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::FilterCatalogParams, RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::FragCatParams, RDKit::MolCatalogEntry, RDKit::MolCatalogParams, RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::AcidBaseCatalogParams, RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::FragmentCatalogParams, RDKit::MolStandardize::TautomerCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::TautomerCatalogParams, RDKit::MolStandardize::TransformCatalogEntry, RDKit::MolStandardize::TransformCatalogParams, RDKit::SubstructLibrary
- serialize() : RDKit::MolBundle, RDKit::TautomerQuery
- set() : RDKit::FMCS::TArray2D< T >
- set3D() : RDKit::Conformer
- setAcidicAugmentedAtoms() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- setActiveAtmIdx() : RDKit::MolDraw2D
- setActiveAtom() : RDKit::RWMol
- setActiveBndIdx() : RDKit::MolDraw2D
- setActiveClass() : RDKit::MolDraw2D
- setActiveConformer() : RDKit::MolChemicalFeature
- setActiveMolIdx() : RDKit::MolDraw2D
- setAltLoc() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setAromaticBonds : RDKit::MolInterchange::JSONParseParameters
- setAtomBookmark() : RDKit::ROMol
- setAtomicNum() : RDKit::Atom
- setAtomMapNum() : RDKit::Atom
- setAtomPos() : RDKit::Conformer
- setAtoms() : RDKit::SubstanceGroup
- setAugmentedAtomTranslations() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- setAux() : RDKit::CIPLabeler::Edge, RDKit::CIPLabeler::Node
- setBaseFontSize() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- setBeginAtom() : RDKit::Bond
- setBeginAtomIdx() : RDKit::Bond
- setBestPermutation() : RDKit::RGroupScorer
- setBiasList() : RDInfoTheory::InfoBitRanker
- setBit() : BitVect, ExplicitBitVect, SparseBitVect
- setBitId() : RDCatalog::CatalogEntry
- setBitIdList() : RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
- setBondBookmark() : RDKit::ROMol
- setBondDir() : RDKit::Bond, RDKit::QueryBond
- setBonds() : RDKit::SubstanceGroup
- setBondType() : RDKit::Bond, RDKit::QueryBond
- setCairoContext() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextCairo, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFTCairo
- setCallback() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setCarriers() : RDKit::CIPLabeler::Configuration
- setCatalogParams() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >, RDKit::FilterCatalog
- setChainId() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setChiralTag() : RDKit::Atom
- setColour() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText, RDKit::MolDraw2DCairo, RDKit::MolDraw2DQt, RDKit::MolDraw2DSVG, RDKit::MolDraw2Dwx
- setDash() : RDKit::MolDraw2D
- setData() : RDKit::v1::SDMolSupplier, RDKit::v1::SmilesMolSupplier, RDKit::v1::TDTMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SmilesMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::TDTMolSupplier
- setDataFunc() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setDefaultPickleProperties() : RDKit::MolPickler
- setDescription() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolCatalogEntry
- setEndAtom() : RDKit::Bond
- setEndAtomIdx() : RDKit::Bond
- setEndsOpen() : Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setEnergy() : RDKit::Snapshot
- setExclusionPatterns() : RDKit::ExclusionList
- setFamily() : ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
- setFillPolys() : RDKit::MolDraw2D
- setFlags() : RDKit::Atom, RDKit::Bond
- setFlexiMode() : RDKit::MolDraw2D
- setFontFile() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT
- setFontScale() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- setFontSize() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText, RDKit::MolDraw2Dwx
- setForceV3000() : RDKit::SDWriter
- setFormalCharge() : RDKit::Atom
- setFP() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- setFPLength() : RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
- setGoodAugmentedAtoms() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- setHybridization() : RDKit::Atom
- setId() : ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDKit::Conformer
- setIdx() : RDKit::Atom, RDKit::Bond
- setImplicitPropertiesFlag() : RDKit::ChemicalReaction
- setInsertionCode() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setIsAromatic() : RDKit::Atom, RDKit::Bond
- setIsConjugated() : RDKit::Bond
- setIsHeteroAtom() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setIsotope() : RDKit::Atom
- setIsUsed() : RDKit::UsedLabelMap
- setIsValid() : RDKit::SubstanceGroup
- setKekulize() : RDKit::SDWriter
- setLength() : RDKit::RealValueVect
- setLineWidth() : RDKit::MolDraw2D
- setLoc() : RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
- setLower() : Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setLowerBound() : DistGeom::BoundsMatrix
- setLowerBoundIfBetter() : DistGeom::BoundsMatrix
- setLowerFragLength() : RDKit::FragCatParams
- setMakeParent() : RDKit::MolStandardize::Pipeline
- setMaskBits() : RDInfoTheory::InfoBitRanker
- setMatchFunc() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setMaxCount() : RDKit::SmartsMatcher
- setMaxFontSize() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- setMaxTautomers() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setMaxTransforms() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setMCSAtomTyperFromConstChar() : RDKit::MCSParameters
- setMCSAtomTyperFromEnum() : RDKit::MCSParameters
- setMCSBondTyperFromConstChar() : RDKit::MCSParameters
- setMCSBondTyperFromEnum() : RDKit::MCSParameters
- setMDLFiveRingAromaticity : RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
- setMetalNof() : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnector
- setMetalNon() : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnector
- setMetricFunc() : RDDataManip::MetricMatrixCalc< vectType, entryType >
- setMinCount() : RDKit::SmartsMatcher
- setMinFontSize() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- setMMFFAngleTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFBondTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFDielectricConstant() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFDielectricModel() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFEleTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFOopTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFOStream() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFStretchBendTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFTorsionTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFVariant() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFVdWTerm() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMMFFVerbosity() : RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
- setMol() : RDKit::MolCatalogEntry
- setMoleculeFragment() : RDKit::FMCS::Seed
- setMonomerInfo() : RDKit::Atom
- setMonomerType() : RDKit::AtomMonomerInfo
- setName() : RDKit::AtomMonomerInfo
- setNegation() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setNoImplicit() : RDKit::Atom
- setNumDigits() : RDKit::TDTWriter
- setNumExplicitHs() : RDKit::Atom
- setNumRadicalElectrons() : RDKit::Atom
- setNumThreads() : RDKit::ResonanceMolSupplier
- setOccupancy() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setOffset() : RDKit::MolDraw2D
- setOffsets() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- setOperationName() : RDKit::RGroupDecompositionChromosome
- SetOptions() : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- setOrder() : RDKit::MolCatalogEntry
- setOwningMol() : RDKit::Atom, RDKit::Bond, RDKit::Conformer, RDKit::SubstanceGroup
- setParentAtoms() : RDKit::SubstanceGroup
- setParse() : RDKit::MolStandardize::Pipeline
- setPattern() : RDKit::FilterHierarchyMatcher, RDKit::SmartsMatcher
- setPatterns() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- setPODVal() : RDKit::Dict
- setPos() : ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
- setPrecision() : RDKit::MarvinMolBase
- setPrimaryLabel() : RDKit::CIPLabeler::AtropisomerBond, RDKit::CIPLabeler::Configuration, RDKit::CIPLabeler::Sp2Bond, RDKit::CIPLabeler::Tetrahedral
- setProcessPropertyLists() : RDKit::v1::ForwardSDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::ForwardSDMolSupplier
- setProgressCallback() : RDKit::ResonanceMolSupplier
- setProp() : RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::FragCatalogEntry, RDKit::MolCatalogEntry, RDKit::RDProps
- setProps() : RDKit::FilterCatalogEntry, RDKit::MolWriter, RDKit::PDBWriter, RDKit::SDWriter, RDKit::SmilesWriter, RDKit::TDTWriter
- SetQuery() : Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setQuery() : RDKit::Atom, RDKit::Bond, RDKit::QueryAtom, RDKit::QueryBond
- setQueryMol() : RDKit::RecursiveStructureQuery
- setReassignStereo() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setRemoveBondStereo() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setRemoveIsotopicHs() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setRemoveSp3Stereo() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumerator
- setResidueName() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setResidueNumber() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setRingSystemTemplates() : RDDepict::CoordinateTemplates
- setRlabel() : RDKit::RGroupDecompData
- setRotatePatterns() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- SetRotation() : RDGeom::Transform3D
- SetRotationFromQuaternion() : RDGeom::Transform3D
- setRule6Ref() : RDKit::CIPLabeler::Digraph
- setScale() : RDKit::MolDraw2D, RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol, RDKit::MolDraw2DUtils::ContourParams
- setSearchMol() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- setSearchOrder() : RDKit::SubstructLibrary
- setSecondaryStructure() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setSegmentNumber() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setSerialize() : RDKit::MolStandardize::Pipeline
- setSerialNumber() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setSorter() : RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
- setSphereOccupancy() : RDGeom::UniformGrid3D
- setStandardizationSteps() : RDKit::MolStandardize::Pipeline
- setState() : RDKit::EnumerateLibraryBase
- setStereo() : RDKit::Bond
- setStereoAtoms() : RDKit::Bond
- setStereoGroups() : RDKit::ROMol
- setStereoPatterns() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- setStoreAllDegenerateMCS() : RDKit::FMCS::Seed
- setStreamIndices() : RDKit::v1::SDMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SDMolSupplier
- setTargetMoleculeForHighlights() : RDKit::RGroupMatch
- setTautomerData() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- SetTee() : boost::logging::rdLogger
- setTempFactor() : RDKit::AtomPDBResidueInfo
- setToIdentity() : RDGeom::Transform2D, RDGeom::Transform3D, RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
- setTol() : Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setTolerance() : RDKit::FragCatParams
- setToRandom() : RDNumeric::Vector< TYPE >
- setToVal() : RDKit::RealValueVect
- SetTransform() : RDGeom::Transform2D
- setTransformation() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- SetTranslation() : RDGeom::Transform2D, RDGeom::Transform3D
- setType() : ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature, RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >, RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
- setTypeLabel() : Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setTypeStr() : RDCatalog::CatalogParams
- setupNewNeighs() : RDDepict::EmbeddedFrag
- setUpper() : Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
- setUpperBound() : DistGeom::BoundsMatrix
- setUpperBoundIfBetter() : DistGeom::BoundsMatrix
- setUpperFragLength() : RDKit::FragCatParams
- setVal() : Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDGeom::Grid3D< VectorType, ValueType1, ValueType2 >, RDGeom::UniformGrid3D, RDGeom::UniformRealValueGrid3D, RDKit::Dict, RDKit::DiscreteValueVect, RDKit::RealValueVect, RDKit::SparseIntVect< IndexType >, RDNumeric::Matrix< TYPE >, RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >, RDNumeric::Vector< TYPE >
- setValidationSteps() : RDKit::MolStandardize::Pipeline
- setValUnchecked() : RDNumeric::Matrix< TYPE >
- setWeights() : RDKit::MolChemicalFeatureDef
- setWrite2D() : RDKit::TDTWriter
- setWriteId() : RDKit::StereoGroup
- setWriteNames() : RDKit::TDTWriter
- sgroupAttachmentPoint : RDKit::MarvinAtom
- sgroupRef : RDKit::MarvinAtom
- sGroupRefIsSuperatom : RDKit::MarvinAtom
- sgroups : RDKit::MarvinMolBase
- ShortName : RDKit::StructureCheck::AugmentedAtom
- ShouldAcceptMCS : RDKit::MCSParameters
- ShouldAcceptMCSUserData : RDKit::MCSParameters
- showAllCIPCodes : RDKit::MolDrawOptions
- showmanyc() : boost_adaptbx::python::streambuf
- showWarnings : RDKit::MolOps::RemoveHsParameters
- shrinkToFit() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- signalHandler() : RDKit::ControlCHandler
- signedAngleTo() : Point2D, RDGeom::Point2D, RDGeom::Point3D
- signs : ForceFields::CrystalFF::ExpTorsionAngle, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribsParams
- similarityCutoff : RDKit::RascalMCES::RascalClusterOptions, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearchParams
- similarityThreshold : RDKit::RascalMCES::RascalOptions
- simplifiedStereoGroupLabel : RDKit::MolDrawOptions
- SINGLE : RDKit::Bond
- single_fragment : RDKit::RGroupData
- singleBondLines_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- singleColourWedgeBonds : RDKit::MolDrawOptions
- singleLargestFrag : RDKit::RascalMCES::RascalOptions
- SIXTEENBITVALUE : RDKit::DiscreteValueVect
- Size() : RDDepict::EmbeddedFrag
- size() : better_enums::_iterable< Element >, BitVect, DistGeom::ChiralViolationContribs, DistGeom::DistViolationContribs, DistGeom::FourthDimContribs, ForceFields::AngleConstraintContribs, ForceFields::CrystalFF::TorsionAngleContribs, ForceFields::DistanceConstraintContribs, ForceFields::UFF::InversionContribs, PySequenceHolder< T >, Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >, RDKit::CachedMolHolder, RDKit::CachedSmilesMolHolder, RDKit::CachedTrustedSmilesMolHolder, RDKit::DiscreteValueVect, RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache, RDKit::FMCS::SeedSet, RDKit::FPHolderBase, RDKit::KeyFromPropHolder, RDKit::KeyHolderBase, RDKit::MolAlign::O3AConstraintVect, RDKit::MolAlign::SDM, RDKit::MolBundle, RDKit::MolHolder, RDKit::MolHolderBase, RDKit::MolOps::Hybridizations, RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult, RDKit::RealValueVect, RDKit::SparseIntVect< IndexType >, RDKit::SubstructLibrary, RDKit::Trajectory, RDNumeric::Vector< TYPE >
- SIZE_CHECK_FAILED : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- sizes : RDKit::CartesianProduct
- skip() : RDKit::EnumerationStrategyBase
- skipCleanup : RDKit::v1::SmartsParserParams, RDKit::v1::SmilesParserParams, RDKit::v2::SmilesParse::SmartsParserParams, RDKit::v2::SmilesParse::SmilesParserParams
- skipFirstConf : RDKit::v2::FileParsers::TPLParserParams
- skipQueries : RDKit::MolOps::AddHsParameters
- SLINK : RDPickers::HierarchicalClusterPicker
- SLNParseException() : RDKit::SLNParseException
- SlowMatchCallTrue : RDKit::FMCS::ExecStatistics
- smallestValId() : RDNumeric::Vector< TYPE >
- Smarts : RDKit::MolStandardize::ChargeCorrection
- smarts : ForceFields::CrystalFF::ExpTorsionAngle, RDKit::Abbreviations::AbbreviationDefinition, RDKit::Descriptors::CrippenParams, RDKit::FilterData_t, RDKit::MolStandardize::TautomerScoringFunctions::SubstructTerm
- SmartsMatcher() : RDKit::SmartsMatcher
- SmartsString : RDKit::MCSResult
- Smiles : RDKit::MolStandardize::LargestFragmentChooser::Largest
- smiles() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult, RDKit::RGroupData
- smilesColumn : RDKit::GeneralMolSupplier::SupplierOptions, RDKit::v2::FileParsers::SmilesMolSupplierParams
- SmilesMolSupplier() : RDKit::v1::SmilesMolSupplier, RDKit::v2::FileParsers::SmilesMolSupplier
- SmilesParseException() : RDKit::SmilesParse::SmilesParseException, RDKit::v1::SmilesParseException, RDKit::v2::SmilesParse::SmilesParseException
- smilesTautomerMap() : RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
- smilesVect : RDKit::RGroupData
- smilesWriteParams : RDKit::PNGMetadataParams
- SmilesWriter() : RDKit::SmilesWriter
- smoothBondJoins() : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
- Snapshot() : RDKit::Snapshot
- Sort() : RDKit::CIPLabeler::Sort
- sort() : RDKit::CIPLabeler::SequenceRule
- SP : RDKit::Atom
- SP2 : RDKit::Atom
- Sp2Bond() : RDKit::CIPLabeler::Sp2Bond
- SP2D : RDKit::Atom
- SP3 : RDKit::Atom
- SP3D : RDKit::Atom
- SP3D2 : RDKit::Atom
- SparseBitVect() : SparseBitVect
- SparseIntVect() : RDKit::SparseIntVect< IndexType >
- SpecialChiralityAtomCompareFunctor() : RDKit::Canon::SpecialChiralityAtomCompareFunctor
- SpecialSymmetryAtomCompareFunctor() : RDKit::Canon::SpecialSymmetryAtomCompareFunctor
- specified : RDKit::Chirality::StereoInfo
- specifiedStereoQueryMatchesUnspecified : RDKit::SubstructMatchParameters
- splitAromaticC : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnectorOptions
- splitBonds : RDKit::MolDrawOptions
- splitBonds_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeSolidWedge
- splitGrignards : RDKit::MolStandardize::MetalDisconnectorOptions
- squaredMedianBondLength() : RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation
- SquareMatrix() : RDNumeric::SquareMatrix< TYPE >
- SqueezeIdentifiers : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- ss_matcher() : RDKit::MorganFingerprints::ss_matcher
- stage : RDKit::MolStandardize::PipelineResult
- standardColoursForHighlightedAtoms : RDKit::MolDrawOptions
- startProcessing() : RDKit::RGroupScorer
- stats() : RDKit::EvenSamplePairsStrategy
- status : RDKit::MolStandardize::PipelineLogEntry, RDKit::MolStandardize::PipelineResult, RDKit::MolStandardize::TautomerEnumeratorResult
- step() : RDKit::SynthonSpaceSearch::details::Stepper
- Stepper() : RDKit::SynthonSpaceSearch::details::Stepper
- STEREO_ERROR : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- STEREO_FORCED_BAD : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- STEREO_TRANSFORMED : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- STEREOANY : RDKit::Bond
- STEREOATROPCCW : RDKit::Bond
- STEREOATROPCW : RDKit::Bond
- STEREOCIS : RDKit::Bond
- STEREOE : RDKit::Bond
- StereoGroup() : RDKit::StereoGroup
- StereoGroupFlipper() : RDKit::EnumerateStereoisomers::details::StereoGroupFlipper
- StereoisomerEnumerator() : RDKit::EnumerateStereoisomers::StereoisomerEnumerator
- STEREONONE : RDKit::Bond
- StereoPatterns : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- STEREOTRANS : RDKit::Bond
- STEREOZ : RDKit::Bond
- StorageType : RDKit::SparseIntVect< IndexType >
- StoreAll : RDKit::MCSParameters
- streambuf() : boost_adaptbx::python::streambuf
- streambuf_capsule() : boost_adaptbx::python::streambuf_capsule
- StretchBendContrib() : ForceFields::MMFF::StretchBendContrib
- strict : RDKit::MolStandardize::IsotopeValidation
- strictCXSMILES : RDKit::v1::SmartsParserParams, RDKit::v1::SmilesParserParams, RDKit::v2::ReactionParser::ReactionSmartsParserParams, RDKit::v2::SmilesParse::SmartsParserParams, RDKit::v2::SmilesParse::SmilesParserParams
- strictParsing : RDKit::GeneralMolSupplier::SupplierOptions, RDKit::MolStandardize::PipelineOptions, RDKit::v2::FileParsers::MolFileParserParams
- strictValenceCheck : RDKit::MolInterchange::JSONParseParameters
- string() : RDKit::MMFF::Tools::DefaultTorsionBondSmarts, RDKit::UFF::Tools::DefaultTorsionBondSmarts
- string_y_max_ : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawTextFT
- StringRect() : RDKit::MolDraw2D_detail::StringRect
- StringToStructureFlags() : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- StripZeros : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- StructChecker() : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- StructCheckerOptions() : RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
- StructCheckTautomer() : RDKit::StructureCheck::StructCheckTautomer
- structQuery : RDKit::SLNParse::AttribType
- StructureFlags : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- StructureFlagsToString() : RDKit::StructureCheck::StructChecker
- stype : RDKit::Canon::bondholder
- SUBS_SCALE : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- SubstanceGroup() : RDKit::SubstanceGroup
- SubstanceGroupException() : RDKit::SubstanceGroupException
- SubstitutionCount : RDKit::StructureCheck::Ligand
- SubstructLibrary() : RDKit::SubstructLibrary
- SubstructMatchParameters() : RDKit::SubstructMatchParameters
- substructmatchParams : RDKit::RGroupDecompositionParameters
- substructOf() : RDKit::TautomerQuery
- SubstructTerm() : RDKit::MolStandardize::TautomerScoringFunctions::SubstructTerm
- substructureSearch() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- subtractFP : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceFPHitSet
- success : RDKit::RGroupDecompositionProcessResult
- summarise() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- SUPER_SCALE : RDKit::MolDraw2D_detail::DrawText
- supportsAnnotations() : RDKit::MolDraw2D
- Symbol() : RDKit::atomicData
- symbol_ : RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol
- symbolColour : RDKit::MolDrawOptions
- symmetrizeConjugatedTerminalGroups : RDKit::MolAlign::BestAlignmentParams
- symmetrizeConjugatedTerminalGroupsForPruning : RDKit::DGeomHelpers::EmbedParameters
- SymmMatrix() : RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
- sync() : boost_adaptbx::python::streambuf
- Synthon() : RDKit::SynthonSpaceSearch::Synthon
- synthonFPs : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceFPHitSet
- SynthonSet() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSet, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- SynthonSpace() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace
- SynthonSpaceFingerprintSearcher : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceFingerprintSearcher
- SynthonSpaceFPHitSet() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceFPHitSet
- SynthonSpaceHitSet() : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceHitSet
- SynthonSpaceRascalSearcher : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceRascalSearcher
- SynthonSpaceSearcher : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearcher
- SynthonSpaceSubstructureSearcher : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpace, RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSubstructureSearcher
- synthonsToUse : RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceHitSet