RDKit: Namespace Members

| RDKit Open-source cheminformatics and machine learning.

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Here is a list of all namespace functions with links to the namespace documentation for each function:

### - c -

- calcAMW() : RDKit::Descriptors
- calcAngleBendEnergy() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcAngleBendGrad() : ForceFields::MMFF::Utils, ForceFields::UFF::Utils
- calcAngleForceConstant() : ForceFields::MMFF::Utils, ForceFields::UFF::Utils
- calcAngleRestValue() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcArrowHead() : RDKit::MolDraw2D_detail
- calcBondForceConstant() : ForceFields::MMFF::Utils, ForceFields::UFF::Utils
- calcBondRestLength() : ForceFields::MMFF::Utils, ForceFields::UFF::Utils
- calcBondStretchEnergy() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcChi0n() : RDKit::Descriptors
- calcChi0v() : RDKit::Descriptors
- calcChi1n() : RDKit::Descriptors
- calcChi1v() : RDKit::Descriptors
- calcChi2n() : RDKit::Descriptors
- calcChi2v() : RDKit::Descriptors
- calcChi3n() : RDKit::Descriptors
- calcChi3v() : RDKit::Descriptors
- calcChi4n() : RDKit::Descriptors
- calcChi4v() : RDKit::Descriptors
- calcChiNn() : RDKit::Descriptors
- calcChiNv() : RDKit::Descriptors
- calcChiralVolume() : DistGeom
- calcClogP() : RDKit::Descriptors
- calcCosTheta() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcCrippenDescriptors() : RDKit::Descriptors
- calcCustomProp_VSA() : RDKit::Descriptors
- calcEleEnergy() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcExactMW() : RDKit::Descriptors
- calcFracAtomNums() : RDKit::CIPLabeler
- calcFractionCSP3() : RDKit::Descriptors
- calcHallKierAlpha() : RDKit::Descriptors
- calcInnerPerpendicular() : RDKit::MolDraw2D_detail
- calcInversionCoefficientsAndForceConstant() : ForceFields::UFF::Utils
- calcKappa1() : RDKit::Descriptors
- calcKappa2() : RDKit::Descriptors
- calcKappa3() : RDKit::Descriptors
- calcLabuteASA() : RDKit::Descriptors
- calcLipinskiHBA() : RDKit::Descriptors
- calcLipinskiHBD() : RDKit::Descriptors
- calcMolFormula() : RDKit::Descriptors
- calcMQNs() : RDKit::Descriptors
- calcMR() : RDKit::Descriptors
- calcNonbondedDepth() : ForceFields::UFF::Utils
- calcNonbondedMinimum() : ForceFields::UFF::Utils
- calcNumAliphaticCarbocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumAliphaticHeterocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumAliphaticRings() : RDKit::Descriptors
- calcNumAmideBonds() : RDKit::Descriptors
- calcNumAromaticCarbocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumAromaticHeterocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumAromaticRings() : RDKit::Descriptors
- calcNumAtoms() : RDKit::Descriptors
- calcNumBridgeheadAtoms() : RDKit::Descriptors
- calcNumHBA() : RDKit::Descriptors
- calcNumHBD() : RDKit::Descriptors
- calcNumHeavyAtoms() : RDKit::Descriptors
- calcNumHeteroatoms() : RDKit::Descriptors
- calcNumHeterocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumRings() : RDKit::Descriptors
- calcNumRotatableBonds() : RDKit::Descriptors
- calcNumSaturatedCarbocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumSaturatedHeterocycles() : RDKit::Descriptors
- calcNumSaturatedRings() : RDKit::Descriptors
- calcNumSpiroAtoms() : RDKit::Descriptors
- calcOopBendEnergy() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcOopBendForceConstant() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcOopChi() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcOxidationNumbers() : RDKit::Descriptors
- calcPathDiscriminators() : RDKit::Subgraphs
- calcPEOE_VSA() : RDKit::Descriptors
- calcPerpendicular() : RDKit::MolDraw2D_detail
- calcPhi() : RDKit::Descriptors
- CalcRMS() : RDKit::MolAlign
- calcSlogP_VSA() : RDKit::Descriptors
- calcSMR_VSA() : RDKit::Descriptors
- calcStbnForceConstants() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcStretchBendEnergy() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcTorsionCosPhi() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcTorsionEnergy() : ForceFields::CrystalFF, ForceFields::MMFF::Utils
- calcTorsionEnergyM6() : ForceFields::CrystalFF
- calcTorsionForceConstant() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcTorsionGrad() : ForceFields::MMFF::Utils, ForceFields::UFF::Utils
- calcTPSA() : RDKit::Descriptors
- calculateCosTorsion() : ForceFields::UFF::Utils
- calculateCosY() : ForceFields::UFF::Utils
- calculateDescriptors() : RDMIF
- calcUnscaledVdWMinimum() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcUnscaledVdWWellDepth() : ForceFields::MMFF::Utils
- calcUSRDistributions() : RDKit::Descriptors
- calcUSRDistributionsFromPoints() : RDKit::Descriptors
- calcUSRFromDistributions() : RDKit::Descriptors
- calcUSRScore() : RDKit::Descriptors
- calcVdWEnergy() : ForceFields::MMFF::Utils
- canHaveDirection() : RDKit
- canonicalizeConformer() : MolTransforms
- canonicalizeEnhancedStereo() : RDKit::Canon
- canonicalizeFragment() : RDKit::Canon
- canonicalizeMol() : MolTransforms
- canonicalizeStereoGroups() : RDKit
- canonicalTautomer() : RDKit::MolStandardize
- canonicalTautomerInPlace() : RDKit::MolStandardize
- canSetDoubleBondStereo() : RDKit
- CarboacyclicAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarboacyclicHAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarboarylAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarboarylHAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarbocyclicAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarbocyclicHAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarbocycloalkenylAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarbocycloalkenylHAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarbocycloalkylAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CarbocycloalkylHAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CDXMLDataStreamToChemicalReactions() : RDKit
- CDXMLDataStreamToMols() : RDKit::v1
- CDXMLFileToChemicalReactions() : RDKit
- CDXMLFileToMols() : RDKit::v1
- CDXMLToChemicalReactions() : RDKit
- CDXMLToMols() : RDKit::v1
- centerMolForDrawing() : RDKit::MolDraw2D_detail
- chargeParent() : RDKit::MolStandardize
- chargeParentInPlace() : RDKit::MolStandardize
- checkAtomCharge() : RDKit
- checkAtomChirality() : RDKit
- checkAtomDistance() : RDKit
- checkAtomRingMatch() : RDKit
- CheckAtoms() : RDKit::StructureCheck
- checkBondRingMatch() : RDKit
- checkBondStereo() : RDKit
- CheckChiralitySpecifications() : SmilesParseOps
- checkChiralPermutation() : SmilesParseOps
- checkForTimeout() : RDKit
- CheckRingClosureBranchStatus() : SmilesParseOps
- CheckStereo() : RDKit::StructureCheck
- checkTimeOut() : RDKit::SynthonSpaceSearch::details
- ChemDrawRxnAdjustParams() : RDKit::RxnOps
- ChemicalReactionToCXRxnSmarts() : RDKit
- ChemicalReactionToCXRxnSmiles() : RDKit
- ChemicalReactionToMrvBlock() : RDKit
- ChemicalReactionToMrvFile() : RDKit
- ChemicalReactionToRxnBlock() : RDKit
- ChemicalReactionToRxnMol() : RDKit
- ChemicalReactionToRxnSmarts() : RDKit
- ChemicalReactionToRxnSmiles() : RDKit
- ChemicalReactionToV3KRxnBlock() : RDKit
- chiralAtomCompat() : RDKit
- chiralAtomNeedsTagInversion() : RDKit::Canon
- chiralRankMolAtoms() : RDKit::Canon
- ChiSquare() : RDInfoTheory
- CisTransPerception() : RDKit::StructureCheck
- cleanSmarts() : RDKit::RascalMCES::details
- cleanUp() : RDKit::MolOps
- cleanup() : RDKit::MolStandardize
- cleanup2D() : RDKit::MolStandardize::Operations
- CleanupAfterParse() : RDKit::SLNParse
- CleanupAfterParseError() : SmilesParseOps
- CleanupAfterParsing() : SmilesParseOps
- cleanupAtropisomers() : RDKit::MolOps
- cleanupAtropisomerStereoGroups() : RDKit::Atropisomers
- cleanupChirality() : RDKit::MolOps
- cleanupInPlace() : RDKit::MolStandardize
- cleanUpOrganometallics() : RDKit::MolOps
- cleanupStereoGroups() : RDKit::Chirality
- clearAllBondDirFlags() : RDKit::MolOps
- ClearAtomChemicalProps() : SmilesParseOps
- clearDirFlags() : RDKit::MolOps
- clearInputLabels() : RDKit
- clearMolBlockWedgingInfo() : RDKit::Chirality, RDKit
- ClearSingleBondDirFlags() : RDKit
- clearSingleBondDirFlags() : RDKit::MolOps
- clearVarianceData() : RDKit
- clipToOne() : ForceFields::MMFF, ForceFields::UFF
- CloseMolRings() : SmilesParseOps
- closeRingBond() : RDKit::SLNParse
- collapseAttachmentPoints() : RDKit::MolOps
- collectBondsAndAngles() : RDKit::DGeomHelpers
- combineMols() : RDKit
- combMFromN() : RDKit::SynthonSpaceSearch::details
- completeMolQueries() : RDKit::QueryOps
- compute13Dist() : RDGeom
- compute14Dist3D() : RDGeom
- compute14DistCis() : RDGeom
- compute14DistTrans() : RDGeom
- compute2DCoords() : RDDepict
- compute2DCoordsForReaction() : RDDepict
- compute2DCoordsMimicDistMat() : RDDepict
- computeAngle() : RDDepict
- computeBisectPoint() : RDDepict
- computeCanonicalTransform() : MolTransforms
- computeCentroid() : MolTransforms
- computeConfBox() : RDKit::MolShapes
- computeConfDimsAndOffset() : RDKit::MolShapes
- computeDihedral() : RDKit::ForceFieldsHelper
- computeDihedralAngle() : RDGeom
- computeGasteigerCharges() : RDKit
- computeGridCentroid() : RDGeom
- computeInitialCoords() : DistGeom
- computeIntVectPrimesProduct() : RDKit
- computeL1Norm() : RDKit
- computeMorganCodeHash() : RDKit::MMPA::detail
- computeNormal() : RDDepict
- computeNumProducts() : RDKit
- computeRandomCoords() : DistGeom
- computeSignedDihedralAngle() : RDGeom
- computeSubAngle() : RDDepict
- computeUnionBox() : RDKit::MolShapes
- condenseAbbreviationSubstanceGroups() : RDKit::Abbreviations
- condenseMolAbbreviations() : RDKit::Abbreviations
- conicToFunction() : RDKit::MolDraw2D_detail
- connectLineSegments() : conrec
- ConnectTheDots() : RDKit
- construct3DForceField() : DistGeom
- construct3DImproperForceField() : DistGeom
- constructBRICSAtomTypes() : RDKit::MolFragmenter
- constructBRICSBondTypes() : RDKit::MolFragmenter
- constructForceField() : DistGeom, RDKit::MMFF, RDKit::UFF
- constructFragmenterAtomTypes() : RDKit::MolFragmenter
- constructFragmenterBondTypes() : RDKit::MolFragmenter
- constructGrid() : RDMIF
- constructPlain3DForceField() : DistGeom
- continue_with() : better_enums
- Contour() : conrec
- contourAndDrawGaussians() : RDKit::MolDraw2DUtils
- contourAndDrawGrid() : RDKit::MolDraw2DUtils
- convertBondType() : RDKit::StructureCheck
- convertComplexNameToQuery() : RDKit
- convertGenericQueriesToSubstanceGroups() : RDKit::GenericGroups
- convertTemplateToMol() : RDKit::ReactionRunnerUtils
- convertTextToDBFile() : RDKit::SynthonSpaceSearch
- convertToBonds() : RingUtils
- convertToString() : RDKit::SLNParse
- copy_rdvalue() : RDKit
- copyMolSubset() : RDKit
- copyStereoGroups() : RDKit::details
- copyVarianceData() : RDKit
- countAtomElec() : RDKit::MolOps
- countChiralAtoms() : RDKit::SynthonSpaceSearch::details
- countChiralNbrs() : RDKit::Chirality::detail
- countConnections() : RDKit::SynthonSpaceSearch::details
- countSwapsToInterconvert() : RDKit
- createAtomBoolPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createAtomDoublePropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createAtomIntPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createAtomStringPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createBondBoolPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createBondDoublePropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createBondIntPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createBondStringPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createEmptyForceFieldForMol() : RDKit::ForceFieldsHelper
- createExtendedQueryMol() : RDKit::GeneralizedSubstruct
- createPropertyList() : RDKit::FileParserUtils
- createScaffoldNetwork() : RDKit::ScaffoldNetwork
- CreateSinglePartition() : RDKit::Canon
- cubicToFunction() : RDKit::MolDraw2D_detail
- CyclicAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers
- CyclicHAtomMatcher() : RDKit::GenericGroups::Matchers